企業(yè)所得稅匯算清繳是對企業(yè)一年來企業(yè)所得稅的一個匯總計算、多退少補、提供證據等的過程。自《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》實施以來，財政部、國家稅務總局相繼出臺了一系列企業(yè)所得稅配套、補充政策文件，也廢止了一系列企業(yè)所得稅配套、補充政策文件，要科學合理地根據紛繁復雜的稅收政策規(guī)定進行企業(yè)所得稅匯算，規(guī)避企業(yè)所得稅匯算風險，本文認為需要注意以下幾個方面的關鍵問題。
　　一、重視企業(yè)所得稅匯算工作
　　企業(yè)所得稅的特點是按年計征，分季預繳，年度匯算清繳，匯算清繳的期限是納稅年度終了后5個月內，這是給企業(yè)一個全面自查自核的機會，也是最后一次的調整機會。因為根據國家稅務總局《企業(yè)所得稅匯算清繳管理辦法》的規(guī)定，企業(yè)所得稅匯算清繳的主體是納稅人，納稅人應當按照企業(yè)所得稅法及其實施條例和有關補充政策文件的規(guī)定，正確計算企業(yè)所得稅應納稅額，如實、正確填寫企業(yè)所得稅年度納稅申報表及其附表，完整、及時報送相關資料，并對納稅申報的真實性、準確性和完整性負法律責任。納稅人違反上述規(guī)定，按照稅收征管法及其實施細則的有關規(guī)定處理，情節(jié)嚴重的要追究刑事責任。因此，企業(yè)所得稅匯算清繳的風險和責任很大，納稅人要想控制企業(yè)所得稅上的風險，避免巨額的滯納金和罰款，就需要摒棄僥幸心理，扎扎實實做好企業(yè)所得稅匯算清繳工作。
　　二、弄清企業(yè)所得稅匯算清繳范圍
　　根據《企業(yè)所得稅匯算清繳管理辦法》第三條規(guī)定，凡在納稅年度內從事生產、經營（包括試生產、試經營），或在納稅年度中間終止經營活動的納稅人，無論是否在減稅、免稅期間，也無論盈利或虧損，均應按照企業(yè)所得稅法及其實施條例和本辦法的有關規(guī)定進行企業(yè)所得稅匯算清繳，實行核定定額征收企業(yè)所得稅的納稅人，不進行匯算清繳。因此，所有查賬征收企業(yè)所得稅的企業(yè)和核定征收中定率征收企業(yè)所得稅的企業(yè)都是企業(yè)所得稅匯算清繳的納稅人。
　　三、按時進行企業(yè)所得稅匯算清繳
　　根據《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》的規(guī)定：企業(yè)應當自年度終了之日起五個月內，向稅務機關報送年度企業(yè)所得稅納稅申報表，并匯算清繳，結清應繳應退稅款。如果納稅人因不可抗力，不能按期辦理納稅申報的，可按照《稅收征管法》及其實施細則的規(guī)定，辦理延期納稅申報。如果納稅人未在規(guī)定期限內辦理納稅申報和報送納稅資料的，由稅務機關責令限期改正，并處二千元以下的罰款；情節(jié)嚴重的，處二千元以上一萬元以下的罰款；未按照規(guī)定期限解繳稅款的，稅務機關除責令限期繳納外，從滯納稅款之日起，按日加收滯納稅款萬分之五的滯納金。
　　四、及時掌握相關稅收政策新變化
　　在實踐中，企業(yè)未能正確履行所得稅匯算清繳的義務而招致?lián)p失很大一部分源于對稅收政策不了解或誤解。所得稅匯算清繳是一項政策性很強的工作，它隨著我國稅收法規(guī)和政策的調整而不斷的變化。這就要求企業(yè)的財稅人員通過有關涉稅的報刊、雜志、網絡、參加財稅實訓等多種信息渠道，及時學習和掌握企業(yè)所得稅稅收政策新變化，為企業(yè)正確納稅、避免匯算清繳風險提供支持。如：國家稅務總局2011年第25號公告對資產損失稅前扣除辦法由原自行計算扣除和經稅務機關審批扣除兩類改為現(xiàn)行的“清單申報和專項申報”扣除，其中，屬于清單申報的資產損失，企業(yè)可按會計核算科目進行歸類、匯總，然后再將匯總清單報送稅務機關，有關會計核算資料和納稅資料留存?zhèn)洳?；屬于專項申報的資產損失，企業(yè)應逐項（或逐筆）報送申請報告，同時附送會計核算資料及其他相關的納稅資料。若企業(yè)沒有及時了解掌握資產損失稅前扣除辦法新變化，未申報或未按規(guī)定申報而自行扣除的損失一律不得在稅前扣除。
　　五、及時辦理匯算清繳備案事項
　　列入企業(yè)所得稅優(yōu)惠管理的企業(yè)所得稅優(yōu)惠不少，包括免稅收入、定期減免稅、優(yōu)惠稅率、加計扣除、抵扣應納稅所得額、加速折舊、減計收入、稅額抵免和其他專項優(yōu)惠政策，企業(yè)要享受這些優(yōu)惠須按照法律法規(guī)和相關文件規(guī)定向主管稅務機關辦理備案手續(xù)。備案的具體方式分為事先備案和事后報送相關資料兩種，列入事先備案的稅收優(yōu)惠，納稅人應在辦理企業(yè)所得稅年度申報前向稅務機關報送相關資料提請備案，經稅務機關登記備案后執(zhí)行；對需要事先向稅務機關備案而未按規(guī)定備案的，納稅人不得享受稅收優(yōu)惠；經稅務機關審核不符合稅收優(yōu)惠條件的，不得享受稅收優(yōu)惠。比如，符合小型微利企業(yè)條件的企業(yè)，需要在辦理企業(yè)所得稅年度申報前進行小型微利企業(yè)備案，才能在本年度申報及下一年季度預繳申報享受優(yōu)惠稅率20%，未按規(guī)定備案的企業(yè)，一律不得享受減免稅。列入事后備案的企業(yè)所得稅稅收優(yōu)惠，納稅人應在企業(yè)所得稅年度納稅申報時附報規(guī)定的資料。
　　六、做好企業(yè)所得稅匯算清繳自查
　　企業(yè)所得稅匯算清繳工作是對企業(yè)所得稅的一次全面、完整、系統(tǒng)的計算、繳納過程，涉及大量稅收法規(guī)，而且與企業(yè)會計處理密切相關，要避免不必要的涉稅風險，企業(yè)應認真做好企業(yè)所得稅匯算自查調整工作。
　　1、要自查收入方面有無存在涉稅事項
　　主要有：企業(yè)取得的各種收入是否存在未按所得稅權責發(fā)生制原則確認計稅的問題，有無將上年發(fā)生的收入延至本年；是否存在利用往來賬戶延遲實現(xiàn)應稅收入或調整企業(yè)利潤；取得非貨幣性資產收入或權益是否計入應納稅所得額；是否存在各種減免流轉稅及各項補貼、收到政府獎勵，未按規(guī)定計入應納稅所得額；是否存在接受捐贈的貨幣及非貨幣資產，未計入應納稅所得額；企業(yè)重組中除特殊性稅務處理外的企業(yè)資產評估增值是否并入應納稅所得額；企業(yè)以買一贈一等方式組合銷售本企業(yè)商品的，是否按各項商品的公允價值的比例來分攤確認各項的銷售收入；跨年度提供勞務，是否采用完工進度（完工百分比）法來確認勞務收入；非貨幣性資產交換，以及將貨物、財產、勞務用于捐贈、償債、贊助、集資、廣告、樣品、職工福利或利潤分配等用途的，是否按視同銷售、轉讓財產或者提供勞務處理；采用分期收款方式銷售，是否按照合同規(guī)定的收款時間確認收入；資產溢余收入、確實無法償付的應付款項、已做損失處理后又收回的應收款項、債務重組收入、補貼收入、違約金收入等是否按規(guī)定計入當期損益。