某房地產企業(yè)開發(fā)了某花園小區(qū)項目，小區(qū)可售建筑面積為1萬平方米，扣除項目中總建筑成本費用1200萬元。2008年12月小區(qū)房屋銷售比例達到90%，開發(fā)商共取得房屋銷售收入1350萬元，稅務機關要求其進行土地增值稅清算。企業(yè)在清算時，確定了該項目的單位建筑成本費用為1200元/平方米，繳納土地增值稅217.11萬元。2009年該項目又銷售了門面房500平方米，取得銷售收入500萬元，稅務機關要求其再次清算土地增值稅。
此時，對于如何計算繳納土地增值稅，有兩種不同的計算方法，且兩種方法計算出來的稅款懸殊較大，稅企之間存在爭議?，F(xiàn)將兩種計算方法分別闡述如下。
方法一，確定500萬元是售房所取得的全部收入，按照稅法規(guī)定允許從售房收入總額中減去扣除項目金額，確定土地增值額和增值率，以此來計算土地增值稅。
售房取得收入500萬元減去允許扣除的開發(fā)成本及費用60萬元，再減去營業(yè)稅金及附加27.25萬元，增值額為412.75萬元。
根據(jù)增值額與扣除項目的比值為增值率的公式，求得增值率為473.07%。根據(jù)超過扣除項目金額200%的部分適用稅率為60%的規(guī)定，按速算扣除系數(shù)35%計算，該房地產企業(yè)應繳納土地增值稅為217.11萬元。
用方法一計算的理由是，土地增值稅首次進行清算之后，再銷售是一個獨立的銷售行為，是建立在首次清算確認過單位建筑成本費用的基礎之上。因此，土地的增值額、增值率很容易計算出來，適用稅率也容易確定，套用公式計算就可得知，且計算過程非常簡便，便于稅務人員的稅收管理征管。
方法二，2009年取得的500萬元售房收入，增值額計算方法同方法一，都是412.75萬元，但增值率的確定就不一樣了。根據(jù)配比原則計算相應的扣除項目，確定增值率，以此來計算土地增值稅。
確定增值率的計算過程為：售房的全部收入=首次清算收入1350萬元+再銷售500萬元=1850萬元，開發(fā)成本及費用扣除金額=首次清算扣除金額1167.2萬元+再銷售扣除金額87.25萬元=1254.45萬元，增值額=1850萬元-1254.45萬元=595.55萬元，增值率47.47%。
由于增值率是47.4，未超過50%，對應的適用稅率為30%，速算扣除系數(shù)為0，應繳納土地增值稅123.83萬元。
用方法二計算的理由是，在國家稅收政策沒有改變的情況下，對于同一個房地產開發(fā)項目的應納土地增值稅是一個確定值，不可能是隨著銷售的時點不同而改變，不管過程如何變化，但最終土地增值稅適用稅率肯定是一個定值。
筆者認為，從實際情況看，土地增值稅首次清算后如有存量房未銷售，在清算后企業(yè)再次銷售存量房是一個很正常的情況。更重要的是，一個開發(fā)項目銷售完畢后，清算的土地增值額、增值率和應納土地增值稅應是*10的，不應該有兩個以上的結果。
《國家稅務總局關于房地產開發(fā)企業(yè)土地增值稅清算管理有關問題的通知》(國稅發(fā)〔2006〕187號)規(guī)定，在土地增值稅清算時未轉讓的房地產，清算后銷售或有償轉讓的，納稅人應按規(guī)定進行土地增值稅的納稅申報，扣除項目金額按清算時的單位建筑面積成本費用乘以銷售或轉讓面積計算。這里規(guī)定了扣除項目的計算，但對稅率的適用沒有明確規(guī)定。因此，在清算土地增值稅時，按方法二進行通盤考慮綜合計算，并不違反相關規(guī)定。
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