存貨損失的申報方式確定后，接下來就是要準確核定損失金額，確定稅前扣除金額，以便正確計算企業(yè)所得稅。
存貨盤虧損失，為其盤虧金額扣除責任人賠償后的余額。應依據(jù)以下證據(jù)材料確認：存貨計稅成本確定依據(jù);企業(yè)內部有關責任認定、責任人賠償說明和內部核批文件;存貨盤點表;存貨保管人對于盤虧的情況說明。
存貨報廢、毀損或變質損失，為其計稅成本扣除殘值及責任人賠償后的余額。應依據(jù)以下證據(jù)材料確認：存貨計稅成本的確定依據(jù);企業(yè)內部關于存貨報廢、毀損、變質、殘值情況說明及核銷資料;涉及責任人賠償?shù)?，應當有賠償情況說明;該項損失數(shù)額較大的(指占企業(yè)該類資產(chǎn)計稅成本10%以上，或減少當年應納稅所得、增加虧損10%以上，下同)，應有專業(yè)技術鑒定意見或法定資質中介機構出具的專項報告等。
存貨被盜損失，為其計稅成本扣除保險理賠以及責任人賠償后的余額。應依據(jù)以下證據(jù)材料確認：存貨計稅成本的確定依據(jù);向公安機關的報案記錄;涉及責任人和保險公司賠償?shù)?，應有賠償情況說明等。因此，當企業(yè)發(fā)生存貨損失時，應當按照存貨損失的種類，選擇正確的申報方式，準確計算稅前扣除額，確保企業(yè)所得稅申報正確。
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