由于底稿編制指南中這兩個概念使用的頻率非常高，特別是對內(nèi)部控制的了解、評價及測試均是分別從這兩個層面展開。
　　因此，如果沒有弄清楚這兩個概念的含義及概念之間的區(qū)別與聯(lián)系，將很難做好對內(nèi)部控制的了解、評價及測試。
　　從底稿編制指南對這兩個概念的具體運用可以看出，之所以要分別從整體層面和業(yè)務(wù)流程層面了解、評價和測試內(nèi)部控制，不僅是因為整體層面和業(yè)務(wù)流程層面存在內(nèi)部控制缺陷的原因、性質(zhì)和影響不同，而且對重大錯報風(fēng)險的嚴(yán)重程度、影響及進(jìn)行分析和判斷的方式方法也不同。
　　一方面，整體層面的內(nèi)部控制在企業(yè)管理的較高層面存在并運行，對各業(yè)務(wù)流程層面的內(nèi)部控制起著統(tǒng)領(lǐng)、約束和影響作用。但整體層面的內(nèi)部控制缺陷往往源于內(nèi)部薄弱的控制環(huán)境、企業(yè)對自身的風(fēng)險評估過程、與財務(wù)報告相關(guān)的信息系統(tǒng)與溝通以及對控制的監(jiān)督等企業(yè)管理的較高層面。
　　所以，這些方面一旦存在缺陷，其影響往往較為廣泛、重大，且很容易造成財務(wù)報表層次的重大錯報風(fēng)險。因此，CPA不僅需要專門從整體層面了解和評價內(nèi)部控制，還需要綜合運用詢問、觀察和檢查等審計程序，以對被審計單位整體層面的內(nèi)部控制要素有一個總體的了解和評價。
　　事實上，如果被審計單位整體層面的內(nèi)部控制一旦存在重大缺陷，不僅會影響到多個重要業(yè)務(wù)流程層面內(nèi)部控制的有效性，而且很可能造成影響更為廣泛的重大錯報風(fēng)險。
　　另一方面，對業(yè)務(wù)流程層面內(nèi)部控制進(jìn)行了解和評價時應(yīng)分別從劃分的業(yè)務(wù)流程入手，同時需考慮并實施5個方面的工作：一是需要確定被審計單位有哪些重要的業(yè)務(wù)流程；二是確定各重要業(yè)務(wù)流程可能發(fā)生錯報的環(huán)節(jié)；三是了解和評價各業(yè)務(wù)流程所涉及到的相關(guān)內(nèi)部控制；四是通過執(zhí)行穿行測試以證實對業(yè)務(wù)流程層面內(nèi)部控制的了解、識別和評價，特別是是否得到執(zhí)行的評價；五是根據(jù)對內(nèi)部控制了解的情況進(jìn)行初步的風(fēng)險評估。要做好這些工作，則需要綜合運用詢問、觀察、檢查和穿行測試等審計程序。
　　比如了解和評價銷售與收款流程時，需考慮整個流程應(yīng)該有哪些控制環(huán)節(jié)？這些環(huán)節(jié)已經(jīng)或應(yīng)該設(shè)置哪些控制目標(biāo)和控制活動？受該控制目標(biāo)影響的相關(guān)交易、賬戶余額及其認(rèn)定是哪些？控制活動對實現(xiàn)控制目標(biāo)是否有效？如果控制存在重大缺陷，是否會產(chǎn)生重大錯報風(fēng)險？CPA應(yīng)該如何應(yīng)對這些重大錯報風(fēng)險？這些考慮實際上也是對銷售與收款流程內(nèi)部控制進(jìn)行了解和評價的總體思路。但必須注意的是，要全面了解和評價各業(yè)務(wù)流程層面的內(nèi)部控制缺陷，還必須對被審計單位所有的業(yè)務(wù)流程進(jìn)行全面的了解和評價。
　　因此，整體層面的內(nèi)部控制好比上梁，業(yè)務(wù)流程層面的內(nèi)部控制好比下梁，上梁不正，下梁自然不正。所以，當(dāng)整體層面的內(nèi)部控制不好，如控制環(huán)境不好，在這種情況下，即使在業(yè)務(wù)流程層面設(shè)計了a1的內(nèi)部控制方案，也很容易因管理層凌駕于內(nèi)部控制之上的不良控制環(huán)境而被破壞，從而很可能造成業(yè)務(wù)流程層面的內(nèi)部控制失效。
　　此外，整體層面內(nèi)部控制和業(yè)務(wù)流程層面內(nèi)部控制缺陷造成的影響和程度不同。如果企業(yè)整體層面的內(nèi)部控制有缺陷，將很可能影響多項認(rèn)定，且很容易形成重大錯報風(fēng)險；而業(yè)務(wù)流程層面的內(nèi)部控制有缺陷，只會影響少量、具體的某些認(rèn)定，影響程度往往也不是很大。