如今，農民專業(yè)合作社得到快速發(fā)展。根據(jù)《增值稅一般納稅人資格認定管理辦法》(國家稅務總局令第22號)第三條的規(guī)定，增值稅納稅人(以下簡稱納稅人)，年應稅銷售額超過財政部、國家稅務總局規(guī)定的小規(guī)模納稅人標準的，除本辦法第五條規(guī)定外，應當向主管稅務機關申請一般納稅人資格認定。因此，對于達到一定規(guī)模的農業(yè)合作社，應向主管稅務機關申請一般納稅人資格認定。
　　農民專業(yè)合作社被認定為增值稅一般納稅人后，因為銷售的是本社成員生產的農業(yè)產品，根據(jù)《財政部、國家稅務總局關于農民專業(yè)合作社有關稅收政策的通知》(財稅〔2008〕81號)*9條的規(guī)定，對農民專業(yè)合作社銷售本社成員生產的農業(yè)產品，視同農業(yè)生產者銷售自產農業(yè)產品免征增值稅。
　　《增值稅暫行條例》第二十一條第三項規(guī)定，銷售貨物或者應稅勞務適用免稅的不得開具增值稅專用發(fā)票。根據(jù)該規(guī)定，農民專業(yè)合作社不能開具增值稅專用發(fā)票?！敦斦俊叶悇湛偩株P于免征部分鮮活肉蛋產品流通環(huán)節(jié)增值稅政策的通知》(財稅〔2012〕75號)第三條規(guī)定，增值稅暫行條例第八條所列準予從銷項稅額中扣除的進項稅額的第(三)項所稱的“銷售發(fā)票”，指小規(guī)模納稅人銷售農產品依照3%征收率按簡易辦法計算繳納增值稅而自行開具或委托稅務機關代開的普通發(fā)票，排除了增值稅一般納稅人(包括農民專業(yè)合作社)取得的普通發(fā)票不能抵扣銷項稅額。這將直接影響農民專業(yè)合作社的經濟利益。
　　鑒于此種情況，農民專業(yè)合作社為了銷售免稅農產品，并且購買方能抵扣銷項稅額，可以選擇放棄免稅。根據(jù)《增值稅暫行條例實施細則》第三十六條的規(guī)定，納稅人銷售貨物或者應稅勞務適用免稅規(guī)定的，可以放棄免稅，依照條例的規(guī)定繳納增值稅。農民專業(yè)合作社放棄免稅后，就能開具增值稅專用發(fā)票，同時可以向本社社員開具收購發(fā)票計提進項稅額。政策依據(jù)是:《發(fā)票管理辦法》第十九條規(guī)定，銷售商品、提供服務以及從事其他經營活動的單位和個人，對外發(fā)生經營業(yè)務收取款項，收款方應當向付款方開具發(fā)票;特殊情況下，由付款方向收款方開具發(fā)票的規(guī)定。因為本社社員不能開具銷售發(fā)票，屬特殊情況，由農民專業(yè)合作社向本社社員開具收購發(fā)票。經過這樣處理，農民專業(yè)合作社就可開具增值稅專用發(fā)票，向本社社員開具的網絡收購發(fā)票能按收購價依13%的扣除率計算進項稅額。由于經營農產品的稅收政策是“高抵低征”，原價收購原價銷售還會產生留抵稅，放棄免稅后不會增加合作社的稅負，相反還有留抵稅，企業(yè)可以進行多種經營，這樣稅負也很低。不過，農民專業(yè)合作社放棄免稅后，企業(yè)的財務核算將比較復雜，相應的電子設備款項要增加，合作社要有所考慮。