一、申報明細表與年度財務報表既關(guān)聯(lián)又有區(qū)別
　　申報明細表與年度財務報表相關(guān)聯(lián)，是指企業(yè)最近三個會計年度研究開發(fā)費用結(jié)構(gòu)明細表和最近一年高新技術(shù)產(chǎn)品(服務)收入明細表的相關(guān)數(shù)據(jù)包含在已審計的年度財務報表中，兩者適用的會計準則或會計制度是一致的，在相關(guān)會計政策、會計估計方面不存在差異。
　　但申報明細表又區(qū)別于年度財務報表。企業(yè)最近三個會計年度研究開發(fā)費用結(jié)構(gòu)明細表和最近一年高新技術(shù)產(chǎn)品(服務)收入明細表是按照《高新技術(shù)企業(yè)認定管理辦法》和《高新技術(shù)企業(yè)認定管理工作指引》編制的，其列報的數(shù)據(jù)可以直接反映出企業(yè)是否滿足認定條件。
　　二、專項審計的實施
　　不論企業(yè)以前年度財務報表是否委托注冊會計師進行審計，還是專項審計與年度財務報表審計是否為同一家會計師事務所承接，專項審計都可以按照《專項審計指引》獨立實施審計程序。如果結(jié)合以前年度財務報表審計，確定的重要性水平應當?shù)陀谙鄳攧請蟊韺徲嫷闹匾运?，確定審計范圍時應當考慮擬利用以前年度財務報表審計工作中獲取的審計證據(jù)的程度。需要注意的是，應當結(jié)合具體環(huán)境考慮重要性的性質(zhì)和數(shù)量兩方面的因素。
　　三、專項審計對高新技術(shù)產(chǎn)品或服務識別的要求
　　無論是研究開發(fā)費用，還是高新技術(shù)產(chǎn)品(服務)，在專項審計中都涉及高新技術(shù)的識別。注冊會計師不是高新技術(shù)領(lǐng)域的專家，《專項審計指引》為此做了如下規(guī)定：
　　(1)恰當界定研究開發(fā)項目、高新技術(shù)產(chǎn)品(服務)的具體范圍是申報企業(yè)的責任。
　　(2)申報企業(yè)技術(shù)負責人與企業(yè)法定代表人、財務負責人共同簽署《管理當局聲明書》。
　　但《專項審計指引》也規(guī)定，制定總體審計策略時，應當清楚地說明向具體審計領(lǐng)域調(diào)配的資源，包括就復雜的研究開發(fā)項目技術(shù)問題利用專家的工作。
　　四、風險導向?qū)徲嬂砟钤趯ｍ棇徲嬛械膽?/strong>
　　《專項審計指引》要求針對研究開發(fā)項目和高新技術(shù)產(chǎn)品(服務)了解申報企業(yè)及其環(huán)境，比如，了解申報企業(yè)產(chǎn)品(服務)的技術(shù)變化，了解申報企業(yè)研究開發(fā)部門的設置和分布，以及是否存在專門的機構(gòu)和人員從事研究開發(fā)活動，了解申報企業(yè)為從事研究開發(fā)活動而進行的固定資產(chǎn)投入以及為這些投入而使用的資金的來源，了解申報企業(yè)是否確立了創(chuàng)建科技創(chuàng)新型企業(yè)的發(fā)展戰(zhàn)略，了解申報企業(yè)是否將高新技術(shù)產(chǎn)品(服務)收入作為主要的業(yè)績考核指標。
　　《專項審計指引》要求識別和評估申報明細表層次以及各類交易、列報認定層次的重大錯報風險。申報明細表層次重大錯報風險需要從整體上加以判斷，比如，申報企業(yè)不能提供研究開發(fā)項目的相關(guān)計劃與實施方案、研究開發(fā)記錄，申報明細表整體上就可能存在重大錯報風險。申報明細表層次重大錯報風險很可能源于薄弱的控制環(huán)境，特別是凌駕于內(nèi)部控制制度之上時，很可能偽造或篡改編制申報明細表所依據(jù)的會計記錄或相關(guān)文件。
　　《專項審計指引》要求注冊會計師應當假定申報企業(yè)的高新技術(shù)研究開發(fā)費用支出與高新技術(shù)產(chǎn)品(服務)收入存在舞弊風險;應當考慮申報企業(yè)管理層有可能存在為了申請高新技術(shù)企業(yè)資格以享受稅收優(yōu)惠政策的動機，導致高新技術(shù)研究開發(fā)費用支出與高新技術(shù)產(chǎn)品(服務)收入存在重大錯報風險。
　　五、對與申報明細表相關(guān)的內(nèi)部控制制度的了解
　　《專項審計指引》勾畫了與申報明細表相關(guān)的內(nèi)部控制制度，強調(diào)了解這些內(nèi)部控制是識別、評估重大錯報風險以及設計和實施進一步審計程序的基礎。
　　與高新技術(shù)產(chǎn)品(服務)收入相關(guān)的內(nèi)部控制包含在企業(yè)產(chǎn)品或服務的銷售控制中，而如高新技術(shù)產(chǎn)品(服務)收入與研究開發(fā)激勵或與銷售獎勵相關(guān)聯(lián)時，企業(yè)一般會設計或增加相應的控制環(huán)節(jié)。注冊會計師審計時，需要了解申報企業(yè)能否確保銷售均已準確記錄并對高新技術(shù)產(chǎn)品(服務)進行恰當分類。
　　在財務報表審計中，一般不專門提及與高新技術(shù)研究開發(fā)費用支出相關(guān)的內(nèi)部控制。《專項審計指引》強調(diào)研究開發(fā)費用控制通常屬于申報企業(yè)費用和成本控制的重要組成部分，要求注冊會計師在對研究開發(fā)費用控制進行了解時，需要考慮那些影響研究開發(fā)費用完整性、發(fā)生、準確性和分類的控制點。同時，《專項審計指引》給出了研究開發(fā)業(yè)務流程通?？赡馨ǖ闹饕顒樱缌㈨椇皖A算管理、人員管理、材料和設備管理以及結(jié)項管理等。
　　六、專項審計報告的審計
　　基于申請高新技術(shù)企業(yè)認定的目的，申報企業(yè)通常將最近三個會計年度研究開發(fā)費用結(jié)構(gòu)明細表和最近一年高新技術(shù)產(chǎn)品(服務)收入明細表的專項審計同時委托給一家會計師事務所，《專項審計指引》要求，針對研究開發(fā)費用結(jié)構(gòu)明細表和高新技術(shù)產(chǎn)品(服務)收入明細表分別出具專項審計報告。
　　由于研究開發(fā)費用結(jié)構(gòu)明細表涉及三個會計年度，注冊會計師出具非標準專項審計報告時需要指明導致事項所對應的會計年度。