國家建設項目工程審計按以下程序操作：
　　*9條 從國家建設項目網(wǎng)上申報系統(tǒng)收集、掌握建設項目動態(tài)情況。
　　定期到財政、計劃、建委等部門和建設單位了解項目情況，并督促各項目主管部門和建設單位上報、補充建設項目動態(tài)情況，充實網(wǎng)上申報系統(tǒng)內(nèi)容。
　　第二條 實地核實擬列計劃的建設項目實施情況，做好審前調(diào)查（內(nèi)容類似于審計工作底稿審前調(diào)查情況表）。
　　第三條 每季度提供可實施審計項目清單，每半年制定項目審計計劃。
　　第四條 根據(jù)項目審計計劃，確定擬組織參加審計的中介機構(gòu)名單（逐步推行公開招投標方式確定）。
　　第五條 對中介機構(gòu)下達審計任務委托書。
　　向建設單位發(fā)送審計預通知書，請建設單位向中介機構(gòu)報送審計相關資料，如資料不能及時報送，中介機構(gòu)應當催促建設單位抓緊報送。
　　同中介機構(gòu)簽訂審計任務委托協(xié)議書（內(nèi)容格式類似于協(xié)議書范本）。
　　第六條 中介機構(gòu)按月向委托單位匯報審計進度。
　　第七條 審核中介機構(gòu)提供的初審報告（初審報告中須列出初審中數(shù)額較大的核減內(nèi)容和較大事項，要有分析，并交付初審的計算底稿等依據(jù)）。
　　第八條 中介機構(gòu)與施工單位核對、簽證。除審計局要求在指定場所核對外，其余均在中介機構(gòu)辦公場所核對。
　　第九條 審核中介機構(gòu)經(jīng)施工單位簽證后的審定結(jié)果報告。報告分二部分，一部分是簽證無異議的，另一部分是存在異議的內(nèi)容和對異議的焦點分析。
　　第十條 核實無異議的審計報告內(nèi)容，裁定有異議的審計內(nèi)容，編寫審計報告。
　　第十一條 裁定有異議的審計內(nèi)容中分一般與重大問題，重大問題向領導報告，邀分管局長參加。
　　第十二條 核實工作在審計人員主持下組織外聘人員共同完成。