內(nèi)部控制的威脅因素是指那些普遍存在的妨礙內(nèi)部控制目標實現(xiàn)的消極現(xiàn)象。即使一個設(shè)計科學的內(nèi)部控制系統(tǒng)，也可能因忽視內(nèi)部控制運行的威脅因素而使其難以發(fā)揮作用。因此，我們必須充分認識并正視這些威脅因素，只有這樣才能更好地在企業(yè)內(nèi)部控制系統(tǒng)中查找出錯弊來。
　　1.管理者不夠正直
　　內(nèi)部控制主要是為了使誠實人能保持誠實，并不能有效防范管理者的道德風險。在一個組織中，管理層（又稱白領(lǐng)階層）如果不能很好地遵守道德規(guī)范將會嚴重干擾控制系統(tǒng)的有效運行。
　　2.合謀
　　對不相容的崗位和職務(wù)，即使采取職責分開的控制手段，如果員工們企圖串通和欺詐的話，控制所防范的風險和不測事件仍會發(fā)生。
　　3.利益沖突
　　對組織而言，利益沖突，特別是高級管理人員與組織利益的沖突，會對控制系統(tǒng)構(gòu)成顯著的威脅。
　　4.環(huán)境變化
　　一個良好的內(nèi)部控制系統(tǒng)可能會因其運行環(huán)境發(fā)生變化而削弱。管理者一定要密切注意環(huán)境的變遷和組織運行方式的變化，這種變化要求不失時機地調(diào)整和改進內(nèi)部控制系統(tǒng)。
　　5.管理當局的忽視
　　對任何控制系統(tǒng)的嚴重威脅是管理當局的不重視。一個設(shè)計良好的內(nèi)部控制系統(tǒng)如果管理者把它擱置一邊，便等于沒有內(nèi)部控制。同時，管理當局對內(nèi)部控制的忽視，為組織的員工開了一個危險的先例，長此以往，這種風氣便會盛行，在激烈的競爭中，這無疑置組織于危險的境地。