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增值稅一般納稅人申請抵扣的所有運輸發(fā)票與營業(yè)稅納稅人開具的貨物運輸業(yè)發(fā)票進行比對。凡比對不符的，一律不予抵扣。對比對異常情況進行核查，并對違反有關法律法規(guī)開具或取得貨物運輸業(yè)發(fā)票的單位進行處罰。
?。?）增值稅一般納稅人在申報抵扣2003年11月1日起取得的運輸發(fā)票增值稅進項稅額時，應向主管國家稅務局填報《增值稅運輸發(fā)票抵扣清單》紙制文件及電子信息，未報送的其進項稅額不得抵扣。
?。?）納稅人取得的2003年10月31日以后開具的運輸發(fā)票，應當自開票之日起90天內(nèi)向主管國家稅務局申報抵扣，超過90天的不得予以抵扣。納稅人取得的2003年10月31日以前開具的運輸發(fā)票，必須在2004年1月31日前抵扣完畢，逾期不再抵扣。納稅人辦理時，應附抵扣發(fā)票清單。
5.生產(chǎn)企業(yè)一般納稅人購入廢舊物資回收經(jīng)營單位銷售的免稅廢舊物資，可按照廢舊物資回收經(jīng)營單位開具的由稅務機關監(jiān)制的普通發(fā)票上注明的金額，按10％計算抵扣進項稅額。
稅法對一般納稅人的上述3、4、5項特殊業(yè)務所以作出準予從收購額或運費中計算進項稅額抵扣的特殊規(guī)定，是因為這些特殊業(yè)務在企業(yè)的營業(yè)支出中占較大份額，且無論是收購農(nóng)業(yè)產(chǎn)品、購入廢舊物資，還是支付運費都不能取得作為進項稅額抵扣憑據(jù)的增值稅專用發(fā)票，如果對這些業(yè)務支出不能計算進項稅額抵扣，將加重企業(yè)的稅收負擔。因此，需要作特殊照顧處理。但納稅人在運用上述三項特殊規(guī)定時，要注意嚴格執(zhí)行規(guī)定中限定的條件，例如：不能隨意擴大收購價、運費的范圍，抵扣進項稅額必須持有經(jīng)稅務機關批準使用的收購憑證，如果使用未經(jīng)稅務機關批準的收購憑證，以及不按稅務機關的要求使用、保管收購憑證的，不得計算進項稅額抵扣。
?。ǘ┎坏脧匿N項稅額中抵扣的進項稅額
按《增值稅暫行條例》規(guī)定，下列項目的進項稅額不得從銷項稅額中抵扣：
1.購進固定資產(chǎn)；
2.用于非應稅項目的購進貨物或者應稅勞務；
3.用于免稅項目的購進貨物或者應稅勞務；
4.用于集體福利或者個人消費的購進貨物或者應稅勞務；
5.非正常損失的購進貨物；
6.非正常損失的在產(chǎn)品、產(chǎn)成品所耗用的購進貨物或者應稅勞務；
7.納稅人購進貨物或者應稅勞務，未按照規(guī)定取得并保存增值稅扣稅憑證，或者增值稅扣稅憑證上未按照規(guī)定注明增值稅額及其他有關事項的，其進項稅額不得從銷項稅額中抵扣。
對上述不得抵扣進項稅額的各項目需要解釋的是：
第1項所稱固定資產(chǎn)是指：
?。?）使用期限超過1年的機器、機械、運輸工具，以及其他與生產(chǎn)經(jīng)營有關的設備、工具、器具；
?。?）單位價值在2000元以上，并且使用年限超過2年的不屬于生產(chǎn)經(jīng)營主要設備的物品。
《增值稅暫行條例》規(guī)定不得抵扣進項稅額的購進固定資產(chǎn)的范圍比《企業(yè)財務通則》和《企業(yè)會計準則》規(guī)定的固定資產(chǎn)的范圍要小一些，主要是不包括房屋、建筑物等不動產(chǎn)，因為銷售房屋、建筑物繳納營業(yè)稅，不繳納增值稅；另外，對“購進固定資產(chǎn)”，應正確理解為，無論是從國內(nèi)購人的，還是進口的，或是接受捐贈的，即使取得了扣稅憑證，其進項稅額也不能從銷項稅額中抵扣。
第2項所稱非應稅項目是指提供非應稅勞務（即營業(yè)稅條例規(guī)定的屬于交通運輸業(yè)、建筑業(yè)、金融保險業(yè)、郵電通信業(yè)、文化體育業(yè)、娛樂業(yè)、服務業(yè)稅目征收范圍的勞務）、轉(zhuǎn)讓無形資產(chǎn)、銷售不動產(chǎn)和固定資產(chǎn)在建工程等。納稅人新建、改建、擴建、修繕、裝飾建筑物，無論會計制度規(guī)定如何核算，均屬于固定資產(chǎn)在建工程。在購進貨物或者應稅勞務用于非應稅勞務不得抵扣進項稅額中，有兩種特殊情況應排除在外，當納稅人做出應確定為征收增值稅的混合銷售行為或兼營非應稅勞務行為時，其混合銷售或兼營行為中用于非應稅勞務的購進貨物或者應稅勞務的進項稅額，就可以在計算增值稅時從銷項稅額中抵扣。
第3項所稱免稅項目是指：
?。?）農(nóng)業(yè)生產(chǎn)者銷售的自產(chǎn)農(nóng)業(yè)產(chǎn)品，是指直接從事種植業(yè)、養(yǎng)殖業(yè)、林業(yè)、牧業(yè)、水產(chǎn)業(yè)的單位和個人銷售自產(chǎn)的屬于稅法規(guī)定范圍的農(nóng)業(yè)產(chǎn)品；
（2）避孕藥品和用具；
?。?）古舊圖書，是指向社會收購的古書和舊書；
（4）直接用于科學研究、科學試驗和教學的進口儀器、設備；
（5）外國政府、國際組織無償援助的進口物資和設備；
?。?）對符合國家產(chǎn)業(yè)政策要求的國內(nèi)投資項目，在投資總額內(nèi)進口的自用設備（特殊規(guī)定不予免稅的少數(shù)商品除外）；
?。?）由殘疾人組織直接進口供殘疾人專用的物品；
（8）銷售自己使用過的物品，是指個人（不包括個體經(jīng)營者）銷售自己使用過的除游艇、摩托車、汽車以外的貨物。
除上述《增值稅暫行條例》規(guī)定的免稅項目（其中第6小項為1998年起執(zhí)行的補充規(guī)定）外，財政部、國家稅務總局報經(jīng)國務院批準，對少數(shù)貨物或應稅勞務作了免稅規(guī)定，如：供殘疾人專用的假肢、輪椅、矯形器，對國家定點企業(yè)生產(chǎn)和經(jīng)銷單位經(jīng)銷的專供少數(shù)民族飲用的邊銷茶，均免征增值稅。凡是稅法規(guī)定為免稅項目的，對用于免稅項目的購進貨物或應稅勞務的進項稅額都不能抵扣。
第4項所稱集體福利或者個人消費是指，企業(yè)內(nèi)部設置的供職工使用的食堂、浴室、理發(fā)室、宿舍、幼兒園等福利設施及其設備、物品等或者以福利、獎勵、津貼等形式發(fā)放給職工個人的物品。
納稅人凡購進貨物或應稅勞務是用于集體福利、個人消費的，由于其已改變了生產(chǎn)、經(jīng)營需要的用途，成為了最終消費品，因此，其進項稅額不能抵扣。
第5、6項所稱非正常損失，是指生產(chǎn)經(jīng)營過程中正常損耗外的損失，包括：
（1）自然災害損失；
（2）因管理不善造成貨物被盜竊、發(fā)生霉爛變質(zhì)等損失；
（3）其他非正常損失。
稅法對非正常損失的購進貨物的進項稅額和非正常損失的在產(chǎn)品、產(chǎn)成品所耗用的購進貨物或應稅勞務的進項稅額不準予從銷項稅額中抵扣，是考慮到納稅人的這部分損失與其生產(chǎn)經(jīng)營活動沒有直接的關系，這部分非正常損失中的進項稅額不應由國家承擔。
上述不得將進項稅額從銷項稅額中抵扣的各項目，納稅人須認真掌握，并在計稅時嚴格執(zhí)行。
三、應納稅額的計算
在計算出銷項稅額和進項稅額后就可以得出實際應納稅額。納稅人銷售貨物或提供應稅勞務，其應納稅額為當期銷項稅額抵扣當期進項稅額后的余額?；居嬎愎綖椋?/div> 
應納稅額＝當期銷項稅額—當期進項稅額
增值稅應納稅額計算公式直觀地反映了增值稅僅對商品流通環(huán)節(jié)產(chǎn)生的增值額征稅的原理，同時，也簡潔、明了地解釋了增值稅的主要內(nèi)容和計稅方法。為了使這個公式得以正確運用，需要掌握以下幾個重要規(guī)定：
（一）計算應納稅額的時間限定
為了保證計算應納稅額的合理、準確性，納稅人必須嚴格把握當期進項稅額從當期銷項稅額中抵扣這個要點。“當期”是個重要的時間限定，具體是指稅務機關依照稅法規(guī)定對納稅人確定的納稅期限；只有在納稅期限內(nèi)實際發(fā)生的銷項稅額、進項稅額，才是法定的當期銷項稅額或當期進項稅額。目前，有些納稅人為了達到逃避納稅的目的，把當期實現(xiàn)的銷售額隱瞞不記賬或滯后記賬，以減少當期銷項稅額，或者把不是當期實際發(fā)生的進項稅額（上期結(jié)轉(zhuǎn)的進項稅額除外）也充作當期進項稅額，以加大進項稅額，少納稅甚至不納稅，這是違反稅法規(guī)定的行為。為了制止這種違法行為，稅法首先對銷售貨物或應稅勞務應計入當期銷項稅額的時間加以限定，如：采取直接收款方式銷售貨物，不論貨物是否發(fā)出，均為收到銷售額或取得索取銷售額的憑據(jù)，并將提貨單交給買方的當天；采取托收承付和委托銀行收款方式銷售貨物，為發(fā)出貨物并辦妥托收手續(xù)的當天；納稅人發(fā)生本章*9節(jié)視同銷售貨物行為中第③至第⑧項的，為貨物移送的當
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